这项技术扩展到基因操作，不仅在细菌中，而且在生物学上更复杂的植物和动物中。 结果，赋予期望特征（例如抗农药，对病毒疾病的免疫力或有利的生长速率）的基因可直接插入植物或动物的DNA中。
该基因插入产生具有特定所需性状的基因修饰生物体（GMO）。
第一个转基因食品
第一批转基因食品是Flavr-Savr西红柿，由Calgene，Inc。于20世纪90年代初开发。该公司在番茄批准销售后不久被孟山都收购。 这些番茄被设计为抑制多聚半乳糖醛酸酶基因，以延迟它们在成熟后软化的速度。
Flavr Savr西红柿可以选择成熟，并保持比其他品种更长的时间。 然而，为了选择抑制番茄中多聚半乳糖醛酸酶基因的DNA ，研究人员使用了第二个基因，该基因能够使细菌对抗生素卡那霉素产生抗性。 Flavr Savr西红柿则表达了这种细菌卡那霉素抗性基因。
西红柿的缓慢软化降低了制作西红柿酱等番茄制品的加工成本，因此它们被用于生产在美国西部和英国超市销售的低价番茄罐头制品。
1998年，英国科学家Arpad Pusztai在英国电视节目中对转基因食品表示担忧后，销售额大幅下降。 Flavr Savr番茄制品于1999年上市。
工程木瓜
一个工程水果的最近的例子是彩虹番木瓜。 在20世纪90年代，环斑病毒使夏威夷木瓜产量减少了40％。
作为回应，当时在夏威夷大学的Dennis Gonsalves博士设计了一种木瓜菌株来制造其中一种使番木瓜植物抵抗病毒感染的环斑病毒基因（病毒蛋白）。 这个概念与疫苗接种相似。
与市场上推广转基因作物的“大农业”相比，彩虹木瓜种子最初免费分发，现在以非营利性夏威夷木瓜业协会的成本出售。 彩虹木瓜是目前唯一销售的转基因水果（除了西红柿，如果你认为它们是水果）。
抵抗环斑病毒只是第一步
虽然基因改变的彩虹木瓜保存了夏威夷木瓜农业，但由于木瓜市场的很大一部分是国际性的，因此该商业成功受到限制。 例如，1996年夏威夷木瓜对日本的销售额为1500万美元，但在2010年仅为100万美元。获得批准在美国以外销售的彩虹木瓜已成为其商业成功和夏威夷木瓜业真正复苏的巨大障碍。
经过十多年的游说，日本终于在2011年底批准了彩虹木瓜的销售，使夏威夷有机会重新夺回其失去的木瓜市场。
由于彩虹木瓜将被标记为转基因食品，但是，新鲜美味的基因改造水果能否克服人们对转基因食品的关注仍有待观察。
谷物和种子：真正的转基因生物成功
虽然转基因食品的供应有限，但包括转基因产品在内的加工食品已成为过去十多年来的主要商品。 大多数批准的基因工程食品是主要的经济作物，如玉米，大豆和棉花（棉籽油用于加工食品）。
2011年，种植了1.6亿公顷的转基因作物，其中90％在美国，巴西，阿根廷，印度和加拿大。 这是全球耕地面积的10％以上。 大约82％的棉花，75％的大豆，32％的玉米和26％的油菜是基因工程。
尽管转基因作物大部分用于动物饲料和燃料，但转基因生物现在在西半球和印度的杂货中已经很常见。 据估计，在美国销售的加工食品约有70％，加拿大销售的加工食品约有60％含有转基因植物，大部分来自转基因大豆和玉米。 相比之下，欧洲商店货架上只有约5％的加工食品含有转基因生物。
转基因动物
基因改造的转基因动物通常制造并用于研究。 例如，具有广泛遗传工程的小鼠模型是用于药物发现和开发的标准工具。 然而，迄今为止，没有将转基因动物引入食品市场。
但是，如果AquAdvantage鲑鱼得到批准，转基因动物食品的缺乏可能很快就会改变。 AquAdvantage三文鱼是大西洋鲑鱼，在其DNA中插入另一种不受管制的奇努克鲑鱼生长激素基因。 来自快速增长的奇努克鲑鱼的这种基因使得AguAdvantage鲑鱼比其天然表亲更快速地生长。
2010年9月，美国食品和药物管理局兽医医学委员会的一项评论认为，“大量测试结果确立了AquAdvantage鲑鱼和大西洋鲑鱼之间在食品安全性方面的相似性和等同性”。 然而，虽然在这次审查之后的几个月内预计鲑鱼的最终批准，但几乎两年后仍待批准。
没有简单的GMO答案
转基因生物是否是一种危险和非自然的食物来源异常，或是现代技术的自然延伸以改善我们的食物供应？ 当然，这取决于你问谁。 至少，转基因工厂已经迅速成为全球食品市场的重要组成部分。
通过杂交育种进行的遗传操作已经进行了数千年，产生了导致驯化的玉米和小麦，怪诞的鸡以及数百种苹果品种的农业革命。 这些技术产生了70亿的全球人口。
今天，基因工程可能是进一步提高粮食生产以应对日益增长的全球人口挑战的最有效方式。 通过基因工程直接操纵DNA预示着作物改良和粮食开发的下一步，以迎接喂养世界的未来挑战，还是可能导致严重的全球健康后果的冒险活动？