然而，迄今为止所有的例子和试验都涉及体细胞治疗 。
也就是说，它们只改变患者细胞的基因，而不是生殖细胞的精子或卵细胞。
种系基因治疗关注
基因疗法对生殖细胞产生了很多争议，因为任何变化都可以遗传（因为后代接受了操纵的DNA）。 例如，这不仅可以纠正导致患者出现气泡综合征的遗传缺陷，而且还可以在该家族的后代中永久消除缺陷。 这个例子是一种相对罕见的遗传性疾病，但也有许多其他疾病，例如亨廷顿舞蹈病或杜氏肌营养不良症，这些疾病更常见，理论上可以在患有这些疾病的家庭中消除。
虽然完全在家庭中消除疾病是一项惊人的益处，但担心的是，如果发生不可预见的事情（例如将白血病引入用基因疗法治疗免疫缺陷综合征的第一组儿童中的一些儿童）遗传问题传递给未来世代的未出生的孩子。
关于将基因疗法种系错误或副作用传播给子孙后代的担忧本身就严重到足以阻止生殖系基因治疗的任何考虑，但错误不是唯一的问题。
遗传改良现在不是一个问题
另一个问题是，这种操作可能会引入插入基因来提供感知有益特征的可能性，例如增加智力，身高倾向，甚至特定的眼睛颜色。
然而，使用这种技术进行遗传增强的道德问题并不是一个直接的实际问题，因为科学没有足够牢固地掌握与这些复杂特征中的大多数有关的遗传学，使得基因治疗方法甚至可以改变它们中的任何一个在这一点上可行。
种系疗法与科学方法争议
在二十世纪九十年代后期，有关生殖细胞基因治疗的潜力以及随之而来的伦理问题进行了大量的讨论。 在“自然”和“国家癌症研究所杂志”上有很多关于这个主题的文章。 美国科学促进会甚至于1997年组织了人类胚系干预论坛，科学界和宗教界代表似乎将重点放在应该或不应该做什么，而不是当时科学的实际状况。
但有趣的是，目前关于种系治疗的讨论还很少。 或许在1999年宾夕法尼亚大学基因治疗试验期间由于严重过敏反应而死亡的杰西·基尔辛格的悲剧以及在2000年初发生的与婴儿接受免疫紊乱治疗的未预见到的白血病的发展已经导致一定程度的谦逊，并且对谨慎控制和谨慎的实验程序产生了更好的认识。
目前的重点似乎更多的是要产生坚实的结果和强大的程序来建立，而不是推动信封前进，以实现新的壮观的治疗。 当然，会出现惊人的结果，但为了产生实用和安全的治疗方法，许多严谨的，有条不紊的，而且往往是棘手的科学研究是必要的。
未来生殖细胞疗法的潜力
然而，随着该领域的进步，人类基因操作变得更加稳健，可预测和常规，生殖系统治疗的问题肯定会重新出现。 许多人已经在允许或不允许的范围内制定了明确的划分和指导方针。 例如，天主教会就其认为合适的基因治疗类型发布了具体的指导方针。
鉴于我们目前对这一非常复杂的程序有限的理解，现在几乎没有足够的勇气来考虑生殖系统治疗试验。
虽然俄勒冈州的研究人员正在积极追求一种非常专业化的生殖细胞基因治疗方法，它只是改变了线粒体中被划分为DNA的基因。 但是，即使这项工作也引起了批评。 即使自1990年第一次基因治疗试验以来对基因组学和基因操作的理解得到了更好的了解，理解仍存在很大差距。
最终可能会有令人信服的理由来进行生殖细胞治疗。 然而，制定关于未来基因治疗应用如何调控的指导方针只能基于猜测。 我们只能真正猜测我们未来的能力和知识。 真实情况到达时，将会有所不同，并可能转变道德观和科学观。